Master mention Bio-informatique parcours Informatique pour la biologie et la santé (IBiSa)

Master mention Bio-informatique parcours Informatique pour la biologie et la santé (IBiSa)

Accroche

Le master Bio-informatique forme des bio-informaticiens de haut niveau à analyser et interpréter des données biologiques massives dans des contextes variés (diagnostic, recherche bio-médicale, recherche fondamentale...). Les étudiants accueillis proviennent majoritairement de Licence de Biologie. Durant la première année de master, les enseignements visent à acquérir des bases théoriques solides et de nouvelles compétences pratiques. Le master 1 inclut également un stage court (2 à 3 mois) et un projet de programmation. En seconde année de master, l'accent est mis sur l'interprétation et l'utilisation de ces compétences dans le cadre de projets variés.

En pratique

Libellé réglementaire
Master mention Bio-informatique parcours Informatique pour la biologie et la santé
Type de diplôme
Master
Niveau de sortie
bac+5 et plus
Modalités pédagogiques
Présentiel
Capacité d'accueil
38 étudiant.e.s français et 2 étudiant.e.s internationaux)
ECTS
120
Langue de la formation
Anglais
Français
Localisation(s) des enseignements
Rennes

Présentation

Le master Bio-informatique forme des bio-informaticiens de haut niveau, dont une grande partie intègrera les métiers de la recherche, comme ingénieur ou doctorant. Les étudiants accueillis proviennent majoritairement de Licence de Biologie. Durant la première année de master, les enseignements visent à acquérir des bases théoriques solides et de nouvelles compétences pratiques. En seconde année de master, l'accent est mis sur des cours disciplinaires de haut niveau, incluant l'interprétation et l'utilisation des concepts étudiés dans le cadre de projets variés.

A l'issue du master,  environ un tiers des étudiants poursuivront par une thèse de doctorat, un autre tiers travaillera comme ingénieur d'étude dans des équipes ou des plateformes de recherche, et un dernier tiers utilisera le virage vers l'informatique amorcé en master de bio-informatique pour travailler dans le domaine du numérique. Les enquêtes réalisées par l'Université montrent que les étudiant.e.s qui ne poursuivent pas en doctorat s'insèrent bien sur le marché du travail : à 30 mois, 100% sont en activité à temps plein.
Enquêtes officielles : https://soie.univ-rennes1.fr/devenir-30-mois-des-diplomes-du-master-bio-informatique

 

Pourquoi le master de Bio-informatique ?


Les domaines des Sciences du Vivant connaissent actuellement une transition majeure. D'une part, une rupture technologique est en cours depuis les années 2000 autour des machines et technologies permettant d'acquérir des données massives et toujours plus précises sur les gènes, protéines, cellules. Cela permet par exemple un regard nouveau sur de nombreuses pathologies. D'autre part, au même titre que les outils de statistiques classiques sont devenus incontournables pour traiter les données, les approches liées à l'Intelligence Artificielle (IA) sont en passe de le devenir.

Il est donc important de former pour demain des spécialistes des Sciences de la Vie possédant un bagage solide en analyse de données biologique, en sciences des données et en informatique.

Le master Bio-informatique forme des bio-informaticiens de haut niveau, dont une grande partie intègrera les métiers de la recherche, comme ingénieur ou doctorant. Les étudiants accueillis proviennent majoritairement de Licence de Biologie.

 

Un parcours, trois mineures de spécialisation pour une personnalisation du cursus


La formation est organisée selon le schéma majeure/mineure. La majeure comporte des enseignements de bio-informatique ainsi que deux stages qui constituent le cœur de la formation. La mineure permet de se spécialiser progressivement en cours de master en choisissant l'un des 3 blocs de mineures :

•    mineure InterBio "Interface de la Biologie avec l'Informatique et la Science des Données"
•    mineure BiS "Bio-informatique pour la Santé"
•    mineure GeG "Génétique et Génomique"

La spécialisation via les mineures est progressive :

•    au premier semestre de M1 : majeure uniquement (tronc commun permettant de poser les bases des 3 mineures)
•    au second semestre de M1 : majeure (18 ECTS) + mineure (12 ECTS)
•    au premier semestre de M2 : majeure (12 ECTS) + mineure (18 ECTS)
•    au second semestre de M2 : stage en situation

 

La mineure CoCoBi, dédiée à un public différent


Une admission est possible directement en M2 vers la mineure CoCoBi "Compétence Complémentaire en Bio-informatique",  pour acquérir des compétences complémentaires spécifiques en bio-informatique alors qu'on possède déjà de solides connaissances sur les aspects bio/santé (niveau très bon M2 ou doctorat, à l'appréciation de la commission de recrutement) : la formation est alors directement intégrée au niveau M2, et les enseignements intensifs visent à combler les besoins techniques en bio-informatique. Le taux de réussite est excellent (100%).

 

Publics

Pour une admission en master 1
  • Licence de Biologie (Sciences de la Vie, Biologie, Ecologie, Biochimie...)
  • Licence d'Informatique ou de Mathématiques (un bootcamp sera proposé en début d'année pour acquérir des compétences minimales en biologie)
  • BUT Génie Biologique avec un niveau solide (pensez à joindre l'avis de poursuite d'études de votre BUT,  si vous en avez des lettres de recommandation de vos responsables de stage, et à indiquer vos expériences préalables en bio-informatique ou bio-statistiques)

L'admission se fait sur dossier + entretien (en visio).

 

Pour une admission en master 2
  • pour la mineure Compétence Complémentaire en Bio-informatique, un niveau M2 du champ disciplinaire des sciences du vivant (en incluant l'écologie) validé avec un bon niveau, ou un niveau doctorat.
  • pour les autres mineures, un niveau master 1 Bio-informatique validé.

     

Compétences développées

Les diplômés de la formation seront en capacité de :

  • Axe Génomique : utiliser des méthodes d'analyse standard pour les données de génomique, transcriptomique, épigénomique....
  • Axe Programmation et Utilisation de l'outil informatique : programmer en R et en python, utiliser un environnement unix, se connecter à distance à des infrastructures de calcul intensif...
  • Axe Données Massives, Analyse de Données, Intelligence Artificielle : manipuler efficacement des jeux de données volumineux, visualiser et produire des graphiques pour des jeux de données, réaliser des tests statistiques, tester des approches de type apprentissage machine (machine learning) sur un jeu de données.
  • Axe Bio-informatique et Biophysique / Biochimie : modéliser un système dynamique, modéliser la structure tridiensionnelle d'une protéine et d'un assemblage moléculaire.
  • Axe Compétences transversales : développer une conscience critique des savoirs, communiquer à l'écrit et à l'oral, respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale

     

Les plus de la formation

Le master de Bio-Informatique de Rennes, avec son large choix de mineures associées, permet aux étudiantes et étudiants de se spécialiser dans le thème qu'ils souhaitent en bioinformatique : vers le développement de nouvelles méthodes et l'ingénierie des données (mineure interBio), vers l'analyse de données génétique et génomique pour les différents spectre de la biologie fondamentale (mineure GeG), ou vers les applications médicales (mineure BiS).

L'équipe pédagogique est très attentive au développement du projet personnel des étudiants et étudiantes, et des modules d'insertion professionnelle sont proposés tout au long de la formation.
 

Partenaires de la formation

Convention de double diplôme avec l'ENSAI (France), Accord Erasmus+ avec l'Université de Salerne (Italie)

Et après ?

Devenir des diplômés

Tout au long de la formation, les étudiants sont accompagnés pour les aider à découvrir les métiers et secteurs d'activités correspondant à leur futur diplôme. Cela passe par l'organisation de différents évènements : cours et ateliers animés par les enseignants, Meetings Pro'Bio, Nocturnes Pro'BioInfo, participation à la remise des diplômes...

A l'issue du master :

  •     environ 1/3 des étudiants poursuivront par une thèse de doctorat, en France ou à l'étranger ;
  •     environ 1/3 des étudiants travailleront comme ingénieur d'étude dans des équipes de recherche ou sur des plateformes de recherche ;
  •     environ 1/3 des étudiants utiliseront le virage vers l'informatique amorcé en master de bio-informatique pour travailler dans le domaine de l'informatique.


Les étudiant.e.s qui ne poursuivent pas en doctorat s'insèrent sur le marché du travail : à 30 mois, 100% sont en activité à temps plein, et le salaire médian est de 1800€.
Enquêtes officielles : https://soie.univ-rennes1.fr/devenir-30-mois-des-diplomes-du-master-bio-informatique

 

Types de métiers

Ingénieur de recherche ou d’études bio-informaticien.ne, Data manager ou Data scientist pour données biologiques, Développeur d’applications informatiques (à visée scientifiques et biomédicales), Chargé de recherche en en bio-informatique et traitement de l’information, Doctorant.e. 

Secteurs d'activités (code ROME)
K2402 Recherche en sciences de l'univers, de la matière et du vivant
M1805 Études et développement informatique
H1206 Management et ingénierie études, recherche et développement industriel

Recherche & international

Lien avec la recherche

La poursuite en doctorat est fréquente parmi les diplomés du master (25% à 50% des diplômés, selon les années) . En cohérence avec son positionnement à l'interface de la des sciences de la vie et de l'informatique / la science des données, le master de Bio-informatique est rattaché à plusieurs écoles doctorales : Mathématiques-Informatique (Matisse), Biologie Santé (BS), ou Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (EGAAL).

Echanges internationaux

La formation possède un accord Erasmus+ avec l'Université de Salerno (Italie) et accueille fréquemment des enseignant-e-s internationaux. L'Université de Rennes 1 est également partenaire du projet European Digital UniverCity (Potsdam - Allemagne, Masaryk - République tchèque, Cagliari - Italie, Pécs - Hongrie, Jaume I - Espagne, Université du Sud-Est de la Norvège) et des mobilités sont encouragées entre établissements par un dispositif de Césure particulièrement attractif.

Organisation pédagogique

La formation est organisée selon le schéma majeure/mineure. La majeure (51 ECTS) comporte des enseignements de bio-informatique ainsi que deux stages (39 ECTS) qui constituent le cœur de la formation. La mineure (30 ECTS) permet de se spécialiser progressivement en cours de master en choisissant l'un des 3 blocs de mineures :

•    mineure InterBio "Interface de la Biologie avec l'Informatique et la Science des Données"
•    mineure BiS "Bio-informatique pour la Santé"
•    mineure GeG "Génétique et Génomique"

La spécialisation via les mineures est progressive :

•    au premier semestre de M1 : majeure uniquement (tronc commun permettant de poser les bases des 3 mineures)
•    au second semestre de M1 : majeure (18 ECTS, dont 9 ECTS de stage) + mineure (12 ECTS)
•    au premier semestre de M2 : majeure (12 ECTS) + mineure (18 ECTS)
•    au second semestre de M2 : stage en situation

 

 

Les objectifs du master 1


La formation commence par un enseignement de 9 ECTS Préparer le master Bioinformatique dont le but est de remettre à niveau, créer un groupe-classe, et transmettre aux étudiant.e.s les clés pour réussir la formation. Chaque année, en master 1 et master 2, l'étudiant.e se voit proposer un projet de 3 ECTS encadré par un enseignant-tuteur. De plus, chaque année, un stage est obligatoire : stage court en master 1 (entre 2 et 4 mois), stage long en master 2 (6 mois calendaires).

Pendant le master 1, les compétences disciplinaires visées s'articulent autour de 4 axes :

  • Axe Génomique : Outils génomiques, Génomique Fonctionnelle, Evolution des Génomes, Génomique single-cell.
  • Axe Programmation et Utilisation de l'outil informatique : Programmation R, Programmation Julia et Python, Initiation aux systèmes Unix.
  • Axe Données Massives, Analyse de Données, Intelligence Artificielle : Manipulation et Visualisation de Données, Apprentissage Statistique.
  • Axe Bio-informatique et Biophysique / Biochimie : Modélisation de systèmes dynamiques, Bio-informatique structurale.

D'autres compétences, plus transversales, sont également travaillées et évaluées pendant l'année de M1 :

  • Capacité à s'intégrer dans une équipe et participer à un projet en tant que bio-informaticien (stage) ;
  • Capacité à travailler en équipe ;
  • Capacité à s'exprimer à l'écrit et à l'oral ;
  • Capacité à gérer un projet.
     
Les objectifs du master 2


L'année de master 2, des cours plus spécialisés sont proposés et peuvent être choisis selon différents profils de spécialisation. L'année de master 2 comporte obligatoirement un stage long en situation, en France ou à l'étranger. Le stage peut avoir lieu : dans un laboratoire de recherche, dans une grande entreprise, sur une plateforme technologique... Le stage de master 2 occupe tout le second semestre d'enseignement. La durée minimale est de 24 semaines, et la durée maximale de 6 mois.
 

Calendrier de la formation

Enseignements théoriques de septembre à mars (master 1) et de septembre à janvier (master 2). Les enseignements sont en présentiel, majoritairement sur le campus de Beaulieu à Rennes. Stage obligatoire d'avril à juin (master 1) et de février à juillet (master 2). Des ajustements sont possibles sur les dates de stage.

Equipe pédagogique

Une équipe pédagogique pluri-disciplinaire avec des enseignants-chercheurs en génomique, en data science,  en ingénierie des données, en statistiques et intelligence artificielle, en modélisation... D'autres collègues chercheurs, cliniciens ou travaillant sur des plateformes comme bio-informaticiens interviennent aussi dans la formation.

Modalités d'évaluation

L'évaluation se fait par contrôle continu intégral : il n'y a plus de semaine d'examens dédiée et les évaluations sont réparties sur tout le semestre (même si les projets sont souvent à rendre en fin de semestre).
 

Liens avec le monde professionnel

Au sein de la formation (obligatoire)

Chaque année, en master 1 et master 2 :

  • l'étudiant.e se voit proposer un projet de 3 ECTS encadré par un enseignant-tuteur
  • un stage est obligatoire : stage court en master 1 (entre 2 et 4 mois), stage long en master 2 (6 mois calendaires).
  • des évènements sont organisés pour accompagner l'étudiant.e dans son projet professionnel : meetings Pro'Bio, nocturnes Pro'BioInfo...
Entrepreneuriat

Au cours de la formation, les étudiants participeront à de la semaine PROFIL. Ils seront également sensibilisés aux différents challenges organisés par l'Université Rennes 1 :

    Formation initiale

    Responsable(s) pédagogique(s)

    Emmanuelle BECKER
    Annabelle MONNIER

    Contact(s)

    Emmanuelle BECKER
    emmanuelle.becker [at] univ-rennes.fr
    Annabelle MONNIER
    annabelle.monnier [at] univ-rennes.fr
    Scolarité sciences et philosophie
    263 avenue du Général Leclerc
    35042 RENNES
    Tel
    02 23 23 63 27
    sciences-scol [at] univ-rennes.fr
    Service orientation insertion entrepreneuriat (SOIE)
    1 rue de la Borderie
    35000 RENNES
    Tel
    02 23 23 39 79
    soie [at] univ-rennes.fr

    Pré-requis

    Pour une entrée en master 1 :

    • Licence de Biologie (Sciences de la Vie, Biologie, Ecologie, Biochimie...)
    • Licence d'Informatique ou de Mathématiques

    Pour une entrée en master 2 "Compétence complémentaire en Bio-Informatique" (formation en 1 an) : master 2 d'un champ des sciences de la vie (biologie, microbiologie, santé...), doctorat.

    Profils attendus

    Une formation en bio-informatique demande à maîtriser conjointement 2 disciplines : la biologie et l'informatique. Les étudiant.e.s devront avoir des compétences solides dans l'une de ces disciplines, et peuvent être débutants dans l'autre.

    Last updated: mer, 21/02/2024 - 19:44