Accroche
En pratique
Présentation
Publics
La formation, s’adresse aux ingénieurs, chercheurs, doctorants et post-doctorants, étudiants de master 2.
Compétences développées
Le but de cette formation est de donner aux stagiaires les bases théoriques et pratiques en analyse d’images de microscopie.
Les notions tels que la quantification, la segmentation, la classification des objets seront abordées en théorie et en pratique à l’aide de logiciels open source gratuits et accessibles à tous. L’automatisation de l’analyse via des macros sera également présentée.
Une demi-journée sera consacrée au traitement des images apportées par les stagiaires.
Partenaires de la formation
Organisateur : plateforme analyse d’images MRic (Microscopy Rennes Imaging Center) rattachée à Biosit : biologie, santé, innovation technologique, SFR UMS CNRS 3480 – INSERM 018
MRic fait partie de France-BioImaging, infrastructure de recherche nationale en imagerie biologique
Organisation pédagogique
Théorie
Durée : 5 h
Contenu des enseignements :
- Qu’est-ce qu’une image ?
- Mesures d’intensité de fluorescence et quantification
- Filtrage et débruitage
- Segmentation et classification des objets
Pratique
Durée : 14.5 h
Contenu des enseignements :
- Initiation à la manipulation des images dans un logiciel d’analyse d’images open source (IMAGE J)
- Traitement des images (filtrage/débruitage)
- Ecriture de macros
- Travaux pratiques optionnels (tracking, colocalisation, montage de figures, macro avancée)
- Travaux pratiques sur les images fournies par les participants
Lieu : Campus de Villejean (Rennes) – Université de Rennes 1
Calendrier de la formation
Durée de la formation : 3 jours complets + une demi-journée
Pas de session actuellement programmée : nous consulter.
Méthodes pédagogiques
Alternance de cours théoriques et pratiques.
Travaux pratiques sur des postes informatiques individuels (ordinateur personnel si possible).
Equipe pédagogique
Intervenants :
Théorie : Marc TRAMIER, Sébastien HUET, Hélène BOUVRAIS, Jacques PECREAUX
Pratique : Stéphanie DUTERTRE, Marc TRAMIER, Sébastien HUET, Giulia BERTOLIN, Jacques PECREAUX, Thierry PECOT
Formation continue
Contact(s)
263 Avenue Général Leclerc
35042 RENNES
Pré-requis
Pas de pré-requis impératifs si ce n’est utiliser ou vouloir utiliser des méthodes d’analyse d’images
Modalités de candidature et constitution du dossier
Les personnels d'unités de recherche doivent compléter la fiche de renseignement disponible en téléchargement.
Coût de la formation
- Structure de recherche (publique) : 400 €
- Doctorant, post-doctorant, étudiant : 200 €
- Salariés : tarifs sur devis, nous consulter